Badanie Genomu Zwierząt Metodami Analizy Sprzężeń

Prowadzący: dr hab. Heliodor Wierzbicki
Prowadzący ćwiczenia: mgr inż. Anna Macierzyńska

Typ przedmiotu: fakultatywny
Wymiar godzinowy: : wykłady – 15 h, ćwiczenia – 30 h

Dane do ćwiczeń:
- ćwiczenie nr 1: genotypy.txt
- ćwiczenie nr 2: markery.txt
- ćwiczenie nr 3: 2markery.txt
- ćwiczenie nr 4: TEST.txt, dane do EMLD
- ćwiczenie nr 5: zadania do wykonania, do_emld.prn
- ćwiczenie nr 6: PHASE - zadania do wykonania, dane_PHASE.prn
- ćwiczenie nr 7: wektor.txt
- ćwiczenie nr 8: allele.txt, HapFreq.txt
- ćwiczenie nr 9: zadania do wykonania, dane_emld_r.txt
- ćwiczenie nr 10: zadania do wykonania, phase_r.prn

PROJEKT NR 2:
- projekt 2 - zadania
- projekt 2 - wymagania
- dane

Materiały pomocnicze:
- o LD…
- LD - wzory
- Mapowanie
- Daniel MacArthur: Dlaczego badania wykorzystujące skanowanie całego genomu zawodzą?
- oprogramowanie Java (niezbędne do korzystania z programu EMLD) można ściągnąć ze strony: http://www.java.com/pl/download/
- program EMLD dostępny jest na stronie: https://cge.mdanderson.org/~qhuang/Software/pub.htm
- program GOLD dostępny jest na stronie: http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/GOLD/
- program EMLD
- program GOLD
- program PHASE oraz dokumentacja dostępne są na stronie: http://stephenslab.uchicago.edu/software.html lub TUTAJ
- Łukasz Komsta: “Wprowadzenie do środowiska R”
- program R można ściągnąć TUTAJ