Pracownia Informatyczna

Prowadzący: Magda Mielczarek, Krzysztof Kotlarz

Konspekty:

1. Pracownia1, linux
2. Pracownia2
3. Pracownia3
4. Pracownia4, Michał Buczek: AWK 1, Karolina Rybszleger: AWK 2
5. Pracownia5
6. Pracownia6

Listy zadań:

1. Pracownia2324_lista_1
2. Pracownia2324_lista_2
3. Pracownia2324_lista_3
4. Pracownia2324_lista_4
   1. Propozycje rozwiązań zad 6. genotypyMiel.sh / genotypyBuczek.sh / genotypyBuczek.awk (proszę pozbyć się .txt, albo skopiować składnie do innego pliku)
5. Pracownia2324_lista_5_zmieniona  –> Proszę przygotować się na zajęcia 04.12.2023; jest 1 dodatkowe zadania
6. Pracownia2324_lista_6 –> Proszę przygotować się na zajęcia 11.12.2023
7. kolokwium–> 18.12

Pliki do ćwiczeń: 

• skrypt grupy 2 – do przemyślenia.
• annotation_vep
• DM20329_1.fastq DM20329_2.fastq (zmień nazwę z fastq_.gz na fastq.gz)
• DM21420_1.fastq DM21420_2.fastq (zmień nazwę z fastq_.gz na fastq.gz)
• genome_ref
• Neomys (spakowane pliki Neomys fodiens_A* oraz Neomys fodiens_B*)
• Homo_sapiens.vepin
• R_norvegicus000020085003.vcf
• R_norvegicus20029952202.vcf
• R_norvegicus20033325665.vcf
• M_musculus.1
• M_musculus.2
• bos
• BSWCHEM0001.rmdup.fs
• BSWCHEM0002.rmdup.fs
• FLVDEUM00001.rmdup.fs
• PIRESPM000001.rmdup.fs
• REDNORM0001.rmdup.fs
• SIMCHEM0001.rmdup.fs
• SIMCHEM0002.rmdup.fs
• TORESPM00001.rmdup.fs
• duplikacje.Btaurus
• bt00001
• bt00002
• D.melanogaster.SNPInDel.Chr4

Polecane:

• Sarath Lakshman. Skrypty powłoki systemu Linux. Receptury. Warszawa, Helion 2012
• Mark G. Sobell. Linux. Programowanie w powłoce. Praktyczny przewodnik. Helion 2013
• Extraordinary Command Line