Artykuły naukowe studentów z SKN

Opublikowane:

  1. Sztuka M,  Kotlarz K, Mielczarek M, Hajduk P, Liu P, Szyda J. NextFlow vs. plain Bash: Different Approaches to the Parallelisation of SNP Calling from the Whole Genome Sequence Data. NAR Genomics and Bioinformatics, 2024 (IF=4.6).
  2. Mroczek M., Liu J., Sypniewski M., Pieńkowski T., Itrych B., Stojak J., Pronobis-Szczylik B., Stępień M., Kaja E., Dąbrowski M., Suchocki T., Wojtaszewska M., Zawadzki P., Mach A., Sztromwasser P., Król Z.J., Szyda J. Dobosz P. (2023)
    The cancer-risk variant frequency among Polish population reported by the first national whole-genome sequencing study.
    Frontiers in Oncology, 13, 1045817.
  3. Slomian D., Szyda J., Dobosz P., Stojak J., Michalska-Foryszewska A., Sypniewski M., Liu J., Kotlarz K., Suchocki T., Mroczek M., Stępień M., Sztromwasser P., Król Z.J. (2023).
    Better safe than sorry—Whole-genome sequencing indicates that missense variants are significant in susceptibility to COVID-19.
    PLoS ONE, 18, e0279356.
  4. Liu J., Mroczek M., Mach A., Stępień M., Aplas A., Pronobis-Szczylik B., Bukowski S., Mielczarek M., Gajewska E., Topolski P., Król Z.J., Szyda J., Dobosz P. (2023).
    Genetics, Genomics and Emerging Molecular Therapies of Pancreatic Cancer.
    Cancers, 15, 779. (IF=6.575)
  5. Liu J., Suchocki T., Szyda, J. (2023).
    Bioinformatic modelling of SARS-CoV-2 pandemic with a focus on country-specific dynamics.
    BMC Public Health, 23, 148.
  6. Mielczarek M., Frąszczak M., Zielak-Steciwko A.E., Nowak B., Hofman B., Pierścińska J., Kruszyńsk W. & Szyda J. An effect of large-scale deletions and duplications on transcript expression. Functional & Integrative Genomics. (IF=3.674)
  7. J. Wełeszczuk, B. Kosińska-Selbi, P. Cholewińska. Prediction of Polish Holstein’s economical index and calving interval using machine learning. Livestock Science. IF(2020)=1.929.
  8. Kotlarz, K., Mielczarek, M., Wang, Y., Dou, J., Suchocki, T. and Szyda J.
    Identification of functional features underlying heat stress response in Sprague-Dawley rats using mixed linear models.
    Scientific Reports, 2022
  9. M. Kołomański, J.  Szyda, M. Frąszczak and M. Mielczarek. DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human. Journal of Applied Genetics. IF(2020)=3.240.
  10. P. Sztromwasser P, D. Skrzypczak, A. Michalak, W. Fendler. Remus: A Web Application for Prioritization of Regulatory Regions and Variants in Monogenic Diseases. Frontiers in Genetics 2021;12:638960. IF(2019)=3.258.
  11. Jakub Liu, Tomasz Suchocki, Joanna Szyda. Tuning the genomic evaluation system of Holstein-Friesian cattle. Computers and Electronics in Agriculture 175, 105594, IF(2019)=3.858.
  12. K. Kotlarz, M. Mielczarek, T. Suchocki, B. Czech, B. Guldbrandtsen, J. Szyda. The application of deep learning for the classification of correct and incorrect SNP genotypes from whole genome DNA sequencing pipelines. Journal of Applied Genetics, 2020.
  13. K. Kotlarz, J. Szyda, A. Żarnecki. Analiza trendu genetycznego wybranych populacji bydła Holsztyńsko-Fryzyjskiego w latach 1995-2013. Wiadomości Zootechniczne, 2020.
  14. P. Barski, M. Mielczarek, M. Frąszczak, J. Szyda. Assessing DNA sequence features underlying copy number variants. ASP Zootechnica, 2019.
  15. B. Czech, Frąszczak M, Mielczarek M, Szyda J.
    Identification and annotation of breed-specific single nucleotide polymorphisms in Bos taurus genomes. PLoS ONE. 2018;13(6):e0198419.
  16. Siwek, A. Slawinska, M. Rydzanicz, J. Wesoly, M. Fraszczak, T. Suchocki, J. Skiba, K. Skiba, J. Szyda. Identification of candidate genes and mutations in QTL regions for immune responses in chicken. Animal Genetics, 46(3), pp. 247-254, IF(2016)= 1.815

W przygotowaniu:

  1. M. Kołomański, J. Szyda, M. Frąszczak, M. Mielczarek. DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human. 
  2. B. Hofman,  J. Szyda, M. Mielczarek. LncRNA in Polish Landrace pigs.
  3. Mielczarek, M. Frąszczak, A. Zielak-Steciwko, B. Nowak, B. Hofman, J. Pierścińska, J. Szyda. Impact of Copy Number Variation on gene expression.