Konferencje SKN

2023

  1. Rafał Stępień, Joann Szyda, Bartosz Czech, Magda Mielczarek The effect of transcriptomic annotations in breast cancer differential gene expression study. 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics 2023, Poland.
  2. Jakub Liu, Joanna Szyda, Magdalena Frąszczak, Magda Mielczarek, Exploring the distribution of SNPs amongst subsequent exons and introns in the human genome. PTBI 2023 (Symposium of the Polish Bioinformatics Society)
  3. B. Hofman, Magdalena Frąszczak, Joanna Szyda, Magda Mielczaek, LncRNAs Variability in Porcine Skeletal Muscle. PTBI 2023 (Symposium of the Polish Bioinformatics Society)
  4. Martyna Kaźmierczak, Magda Mielczarek, Błażej Nowak, Joann Szyda, Filip Jerzykiewicz, Magdalena Frąszczak, Analysis of CNV distribution in swine genome. PTBI 2023 (Symposium of the Polish Bioinformatics Society)
  5. Paulina Leśniak, M.Mielczarek, B.Nowak, J.Szyda, T.Strzała, M.Frąszczak, Analysis of the CNV detection based on combined Illumina and Nanopore data. PTBI 2023 (Symposium of the Polish Bioinformatics Society)
  6. Jakub Liu, K.Kotlarz, M.Mielczarek, W.Dragan, J.Szyda, Modelling the interplay between early life stress, recent stress and genome methylation pattern with the focus on whole-genome significance testing. 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics, Poland
  7. M. Frąszczak, M. Mielczarek, Martyna Kaźmierczak, B. Nowak, J. Szyda, Inheritance analysis of copy number variation polymorphisms in swine genome. 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics, Poland
  8. Marek Sztuka, Piotr Hajduk, Jakub Liu. Kotlarz, M. Mielczarek and J. Szyda Nextflow vs Naïve Bash Different approaches to SNP calling parallelisation on the Whole Genome Bovine Sequence talk 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics, Poland
  9. Piotr Hajduk 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics, Poland
  10. Rafał Stępień, J. Szyda, B. Czech, M. Mielczarek The effect of transcriptomic annotations in breast cancer differential gene expression study. 17th International Symposium on Integrative Bioinformatics, Poland
  11. Marek Sztuka, Piotr Hajduk, Jakub Liu, K. Kotlarz, M. Mielczarek and J. Szyda Nextflow vs Naïve Bash Different approaches to SNP calling parallelisation on the Whole Genome Bovine Sequence EAAP 2023 (Annual Meeting European Federation of Animal Science), Lyon France

2021

  1. Krzysztof Kotlarz, Joanna Szyda, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, J. Dou, Y. Wang. Identification of heat stress responsive transcripts in Sprague-Dawley rats using mixed linear modelsEAAP 2021. Szwajcaria.
  2. Mateusz Kołomański, Magdalena Frąszczak, Magda Mielczarek. Impact of NGS data trimming on differential gene expression analysis in two groups of beesEAAP 2021 Szwajcaria.
  3. Magda Mielczarek, Magdalena Frąszczak, Anna Zielak-Steciwko, Błażej Nowak, Bartłomiej HofmanJagoda Pierścińska, Joanna Szyda. Impact of Copy Number Variation on gene expression. EAAP 2021. Szwajcaria.
  4. Magdalena Jarosz. PLANT ELONGATOR – protein complex epigenetically regulating photomorphogenesis. The 31st International Conference On Arabidopsis Research ICAR 2021.
  5. Jakub Liu, Tomasz Suchocki, Joanna Szyda. Bioinformatic modelling of SARS-CoV-2 pandemic with a focus on country-specific dynamics.  Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2021. Polska.
  6. Krzysztof Kotlarz, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, J. Dou, Y. Wang Y, J. Szyda. Identification of heat stress responsive transcripts in Sprague-Dawley rats using mixed linear models. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2021. Polska.
  7. Bartłomiej Hofman, Joanna Szyda. Magda Mielczarek. Identification and characteristics of lncRNAs in Polish Landrace boars. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2021. Polska.
  8. Magda Mielczarek, Magdalena Frąszczak, Anna Zielak-Steciwko, Błażej Nowak, Bartłomiej HofmanJagoda Pierścińska, Joanna Szyda. Impact of Copy Number Variation on gene expression. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2021. Polska.

2020

  1. Mateusz Kołomański, Joanna Szyda, Magdalena Frąszczak, Magda Mielczarek. DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in humans. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2020. Polska.
  2. Krzysztof Kotlarz, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, Bartosz Czech, Bernt Guldbrandtsen, Joanna Szyda. Deep learning algorithms for the imbalanced classification of correct and incorrect SNP genotypes from WGS pipelines. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2020. Polska.
  3. Krzysztof Kotlarz, Joanna Szyda, Bartosz Czech, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, Bernt Guldbrandtsen. Don’t play too much! Deep learning to classify true and false positive SNPs in whole genome sequence. EAAP 2020.
  4. Magdalena Jarosz – Elongator: białkowy kompleks epigenetycznie regulujący fotomorfogenezę u Arabidopsis thaliana. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2020, Polska.
  5. Bartłomiej Hofman – Charakterystyka polimorfizmów pojedynczego nukleotydu u Arabidopsis thaliana. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2020, Polska.
  6. Mateusz Kołomański – Wpływ czyszczenia danych NGS na wyniki analizy różnicowej ekspresji genów u dwóch grup pszczół. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2020, Polska.
  7. Krzysztof Kotlarz – Skuteczność modeli głębokiego uczenia w klasyfikacji poprawnie i niepoprawnie wykrytych SNP. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2020, Polska.
  8. Rafał Stępień –  WGSqc: Narzędzie do interaktywnej kontroli jakości danych pochodzących z sekwencjonowania całych genomów. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2020, Polska.

2019

  1. B. CzechM. Zając, D. Wasyl, M. Mielczarek, P. Sztromwasser. Optymalizacja składania genomów de novo w oparciu o dane pochodzące z sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2019, Polska.

2018

  1. B. Czech, M. Mielczarek, M. Frąszczak, J. Szyda. The construction of Bos taurus breed specific reference genomes. EAAP 2018, Chorwacja (nagroda EAAP 2018 !!!)

2017

  1. B. Czech, E. Dobkowski, M. Mielczarek, M. Frąszczak, J. Szyda. The construction of Bos taurus breed specific reference genomes for Fleckvieh, Simmental, Guernsey and Brown Swiss. Jahrestagung/Vortragstagung der DGfZ und GfT 2017, Niemcy.
  2. B. Czech, E. Dobkowski, P. Barski, M. Odziemczyk. Opracowanie genomu referencyjnego specificzego dla rasy Brown Swiss. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2017, Polska.

2015

  1. K. Żełobowska, K. Winiecka. Analiza SNP na chromosomie 16 bydła domowego rasy Brown Swiss w oparciu o dane NGS. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2015, Polska.

2014

  1. K. Skiba, J. Skiba. Analiza SNP w odniesieniu do odpowiedzi odpornościowej u kur krzyżówki ras Green-Legged Partidgelike i White Leghorn. Międzynarodowa Konferencja Studenckich Kół Naukowych 2014, Polska