SKN Bioinformatyków

logo SKN Działalność SKN Bioinformatyków polega na analizie danych pochodzących z sekwencjonowania następnej generacji (ang. Next Generation Sequencing; NGS). Studenci wykorzystują zarówno gotowe narzędzia bioinformatyczne jak i tworzą własne skypty (Python, R, Bash) umożliwiające przetwarzanie i analizę danych biologicznych. Przykładowe projekty dotyczą:

  • identyfikacji mutacji mających wpływ na odpowiedź immunologiczną u Gallus gallus
  • złożoności sekwencji DNA w miejscu powstawania polimorfizmów zmienności liczby kopii
  • konstrukcji genomów referencyjnych charakterystycznych dla konkretnych ras Bos taurus
  • analizy różnicowej ekspresji genów
  • … i wielu innych 🙂

SKN Bioinformatyków nastawione jest głównie na publikowanie badań w czasopismach naukowych z Impact Factor (IF) oraz na prezentowanie wyników projektów na konferencjach krajowych i zagranicznych.

Skład Zarządu:

  • Przewodnicząca: Jagoda Pierścińska
  • Skarbnik: Daria Plewa
  • Sekretarz (Szara eminencja): Wiktoria Wilman

Kontakt:✉:skn.bioinf@upwr.edu.pl / facebook / instagram
Opiekun SKN
– doktor Magda Mielczarek;✉:magda.mielczarek@upwr.edu.pl Katedra Genetyki, Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław.

AKTUALNOŚCI:

——————————————————————————————————————————— (2021-06-10)

——————————————————————————————————————————— (2021-06-01)

——————————————————————————————————————————— (2021-05-19) Zajęliśmy podium 🙂 🏆

——————————————————————————————————————————— (2021-05-04) Kolejne spotkanie o ML 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-04-15) Kliknij grafikę, by dotrzeć do szczegółów 😉

——————————————————————————————————————————— (2021-04-07) Poznaj węża w “stringach”! Członkowie SKN dzielą się wiedzą 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-03-23) Serdecznie zapraszamy na kolejne spotkanie SKN. Tym razem będziemy mieć gości z zewnątrz. 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-03-05) Serdecznie zapraszamy na warsztaty 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-02-01) Zapraszamy!!! 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-01-18) HUUURA! 🙂

Author: W. Wilman

——————————————————————————————————————————— (2021-01-14) Cudze chwalicie, swego nie znacie! O projektach, które rozgrywają się w naszej Katedrze, opowie szefowa grupy Theta, profesor Joanna Szyda. Zapraszamy! Wykład w języku angielskim.

Author: J. Pierścińska

——————————————————————————————————————————— (2021-01-11)  A tymczasem już jutro kolejne spotkanie SKN! O badaniu CNV, czyli polimorfizmów liczby kopii, w genomie człowieka opowie nasz niedawny absolwent, mgr Mateusz Kołomański! Zapraszamy na nasz kanał Discord 🥰 

——————————————————————————————————————————— (2021-01-11)  My też byliśmy na DAS 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-01-04)  Wracamy do pracy! W tym roku, między innymi, poświęcamy się analizie różnicowej ekspresji genów u A.thaliana. 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-12-22)  🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-12-11) Organizujemy kolejny wykład 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-12-10) Częściowe wyniki projektu “DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human” są umieszczone tutaj 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-11-30)

Serdecznie zapraszamy na wykład Pana dr Marcina Tabaki na temat “Challenges and opportunities in single cell transcriptomics“.  Wykład odbędzie się w dniu 01.12.2020 o godzinie 19:30.

——————————————————————————————————————————— (2020-11-19)

MAMY WYNIKI PO SEJMIKU UP! 🙂

Zwycięzcy w sekcji Biologii:

  • I MIEJSCE – Rafał Stępień (WGSqc – NARZĘDZIE DO INTERAKTYWNEJ KONTROLI JAKOŚCI DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA CAŁYCH GENOMÓW)
  • II MIEJSCE – Magdalena Jarosz (ELONGATOR – BIAŁKOWY KOMPLEKS EPIGENETYCZNIE REGULUJĄCY FOTOMORFOGENEZĘ U ARABIDOPSIS THALIANA)
  • III MIEJSCE – Krzysztof Kotlarz (SKUTECZNOŚĆ MODELI GŁĘBOKIEGO UCZENIA W KLASYFIKACJI POPRAWNIE I NIEPOPRAWNIE WYKRYTYCH SNP)

…w sekcji Hodowli Zwierząt:

  • I MIEJSCE – Mateusz Kołomański (WPŁYW CZYSZCZENIA DANYCH NGS NA WYNIKI ANALIZY RÓŻNICOWEJ EKSPRESJI GENÓW U DWÓCH GRUP PSZCZÓŁ)

——————————————————————————————————————————— (2020-11-18)

Zapowiedź najbliższych spotkań 🙂

  • 01.12.2020 – Pan dr Marcin Tabaka, opowie o swojej pracy nad genomiką pojedynczej komórki. Wykład w języku angielskim
  • 15.12.2020 – Pan dr Bartosz Kozak opowie o swoich projektach związanych z analizą transkryptomu roślin.

——————————————————————————————————————————— (2020-11-16) następne spotkanie już jutro – 17.11.2020 o 19:30 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-11-15) … 5 prezentacji na sejmiku!!! 😎🥒! 

  • Magdalena Jarosz – Elongator: białkowy kompleks epigenetycznie regulujący fotomorfogenezę u Arabidopsis thaliana
  • Bartłomiej Hofman – Charakterystyka polimorfizmów pojedynczego nukleotydu u Arabidopsis thaliana
  • Mateusz Kołomański – Wpływ czyszczenia danych NGS na wyniki analizy różnicowej ekspresji genów u dwóch grup pszczół
  • Krzysztof Kotlarz – Skuteczność modeli głębokiego uczenia w klasyfikacji poprawnie i niepoprawnie wykrytych SNP
  • Rafał Stępień –  WGSqc: Narzędzie do interaktywnej kontroli jakości danych pochodzących z sekwencjonowania całych genomów

——————————————————————————————————————————— (2020-11-10) …i już po spotkaniu. Lista dostępnych projektów znajduje się poniżej 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-11-04) Zapraszamy na spotkanie SKN 🙂 –>  KLIKNIJ MNIE! 

——————————————————————————————————————————— (2020-10-14) Na pierwszym spotkaniu SKN w roku akademickim 2020/2021 został wybrany nowy Skarbnik, którym została Daria Plewa. Dodatkowo, Krzysztof Kotlarz opowiedział o swojej działalności, która zaowocowała 2 artykułami naukowymi! 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-10-05) Nadchodzi pierwsze spotkanie w roku akademickim 2020/2021 🙂 –> Kanał Discord.

——————————————————————————————————————————— (2020-09-18) To jest hit! Dwa manuskrypty Krzysztofa Kotlarza zostały przyjęte do publikacji:

  • The application of deep learning for the classification of correct and incorrect SNP genotypes from whole genome DNA sequencing pipelines” (czasopismo: Journal of Applied Genetics)
  • Analiza trendu genetycznego wybranych populacji bydła Holsztyńsko-Fryzyjskiego w latach 1995-2013” (czasopismo: Wiadomości Zootechniczne)

——————————————————————————————————————————— (2020-08-28) Jesteśmy coraz bliżej ukończenia publikacji naukowej pt.: “DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human” 🙂 

——————————————————————————————————————————— (2020-03-05) Zgłosiliśmy abstrakty na SEJMIK 😊

  • Wpływ czyszczenia danych NGS na wyniki analizy różnicowej ekspresji genów u dwóch grup pszczół
  • Analiza różnicowa ekspresji genów pomiędzy rekombinantami muszki owocowej (Drosophila melanogaster)
  • Rozkład polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w intronach oraz eksonach bydła domowego (Bos taurus)
  • Elongator – białkowy kompleks epigenetycznie regulujący fotomorfogenezę u Arabidopsis thaliana.

——————————————————————————————————————————— (2020-02-29) Dziś mieliśmy przyjemność uczestniczyć w warsztatach z programowania w Perlu. Poza tym jedliśmy pizzę 🍕 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-02-19) Organizujemy warsztaty! Szczegóły można znaleźć TUTAJ! 🙂 🐪 ——————————————————————————————————————————— (2020-02-07) Dziękujemy MNM Diagnostics za super wykład! ——————————————————————————————————————————— (2020-02-03) Uprzejmie przypominamy o spotkaniu 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-22) Opis sejmiku 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-17) Serdecznie zapraszamy na spotkanie z przedstawicielami firmy mnm.bio. Podczas spotkania będziemy mieli okazję porozmawiać o roli bioinformatyki w spersonalizowanej medycynie. Szczególnie zachęcamy do udziału studentów ostatniego roku studiów magisterskich z bioinformatyki. Spotkanie odbędzie się o godzinie 12:15, w dniu 05.02.2020 w sali AB na ul. Chełmińskiego 38C. “The future of personalized diagnostics is now” ——————————————————————————————————————————— (2020-01-16) Dziękujemy wszystkim za przybycie na film “Data Science Pioneers” 🙂 Do zobaczenia na kolejnym spotkaniu! 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-05) Zapraszamy na spotkanie organizowane przez nasze SKN – pokaz filmu “Data Science Pioneers” 🙂 Więcej informacji można znaleźć TUTAJ! “Data Science Pioneers – conquering the next frontier is a documentary investigating the future of data science with key data science leaders from Europe and North America.” ——————————————————————————————————————————— (2019-12-09) Więcej zdjęć z DAS na naszym facebook’u 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-12-03) Zapraszamy do naszego stoiska na DAS. Zachęcamy do wzięcia udziału w mini konkursie – za poprawną odpowiedz na pytanie nagrodą jest babeczka. 🙂 Author: Jagoda Pierścińska (przewodnicząca SKN Bioinformatyków) Author: Jagoda Pierścińska (przewodnicząca SKN Bioinformatyków) ——————————————————————————————————————————— (2019-11-29) Podsumowanie zebrania z dnia 28.11.2019:

  • w tym roku dołączyła do nas rekordowa liczba członków –> 45 osób!
  • wybraliśmy nowy zarząd
  • przedstawiliśmy działalność z poprzednich lat
  • wstępnie uzgodniliśmy terminy dwóch kolejnych spotkań
  • ustaliliśmy plan działań na najbliższe miesiące
  • okazało się, że lubimy krówki! 🐄 🍬

——————————————————————————————————————————— (2019-11-25) Zapraszamy na spotkanie naszego SKN w dniu 28.11.2019 (czwartek) o 17:45. Spotkanie odbędzie się w sali 7K w Katedrze Genetyki na Kożuchowskiej 7 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-11-25 ) Piszą o nas 🙂

——————————————————————————————————————————— (2019-11-24) 30.11.2019 odbędzie się Ogólnopolska Konferencja Biotechnologiczna Krok w przyszlość“. Opiekun SKN – dr Magda Mielczarek wygłosi wykład inauguracyjny poświęcony analizie danych pochodzących z sekwencjonowania następnej generacji. Ponadto, Jagoda Pierścińska przedstawi plakat prezentujący znaczenie procesu “pseudoprzyrówania” w analizie ekspresji genów. ——————————————————————————————————————————— (2019-11-05) BRĄZOWY MEDAL ZDOBYTY!  International Genetically Engineered Machine Competition (iGEM) !!! 🍾🍾 🍾 ——————————————————————————————————————————— (2019-10-24) Wizy do USA już są! Studenci z SKN Bioinformatyków i Biotechnologów jadą do Bostonu w celu zaprezentowania projektu realizowanego  w ramach iGEM! iGEM / collaboration / student association ——————————————————————————————————————————— (2019-10-16) SKN ma na swoim koncie kolejny opublikowany artykuł 🙂 Tytuł artykułu: “DNA sequence features underlying copy number variants.” Więcej artykułów SKN tutaj ——————————————————————————————————————————— (2019-10-01) Zapraszamy wszystkich zainteresowanych na wykłady z RNA-seq 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-09-17) Walka o medal trwa! iGEM / strona internetowa projektu  ——————————————————————————————————————————— (2019-08-06) ——————————————————————————————————————————— (2018-05-16) Pierwsze miejsce (Sekcja Biologii) na  XXIV Międzynarodowej Konferencji Studenckich Kół Naukowych 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-04-24) Studenci SKN Bioinformatyków wraz ze studentami Biotechologii biorą udział w tegorocznej edycji konkursu iGEM. Głównym założeniem projektu jest modyfikacja genomu drożdzy Yarrowia lipolytica w celu stworzenia biofiltra, który wyłapie metale ciężkie z powietrza wewnątrz domów. Więcej: Myairrowia_social_media  / iGEM ——————————————————————————————————————————— (2019-04-03) Abstrakt na Sejmik SKN 2019 gotowy 🙂 –> Zobacz!

    Source: BioCote website

——————————————————————————————————————————— (2019-01-28) Testujemy Canu 🙂 –> https://genome.cshlp.org/content/27/5/722 ——————————————————————————————————————————— (2018-12-30) Demultipleksowanie próbek i analiza jakości już za nami –> Składanie genomów bakteryjnych w toku 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2018-11-13) Ruszył projekt “Porównanie liczby SNP w regionach CNV oraz bez CNV”. Dane do analizy obejmują polimorfizmy genetyczne wykryte u kilkudziesięciu zwierząt. Pierwszym krokiem będzie adnotacja funkcjonalna w celu ustalenia, które egzony uległy duplikacji. ——————————————————————————————————————————— (2018-10-19) Zyskaliśmy dziś nowych członków i rozpoczynamy nowe projekty! Będziemy analizować duplikacje w całych genomach bydła domowego, szukać fałszywie pozytywnych delecji u człowieka, porównywać programy do detekcji SNP oraz zgłębimy zagadnienia związane z filogenetyką. ——————————————————————————————————————————— (2018-10-11) ➡ Spotkanie organizacyjne:  piątek (19.10.2018) / godzina: 14:30 / miejsce: Katedra Genetyki (Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław) ⬅ ——————————————————————————————————————————— (2018-09-08) Byliśmy tam 🙂 —–> XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego  ———————————————————————————————————————————- (2018-09-05) W związku z XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego stworzyliśmy książkę abstraktów 🙂 Book_of_abstracts ———————————————————————————————————————————- (2018-09-01) Projekt “Porównanie metod składania genomów bakteryjnych” rusza wraz z nowym rokiem akademickim i będzie realizowany we współpracy z Uniwersytetem Medycznym w Łodzi (pawel.sztromwasser@umed.lodz.pl) ———————————————————————————————————————————- (2018-08-25) Na konferencji EAAP grupa theta wystąpiła aż z 4⃣ prezentacjami i przedstawiła 2⃣ postery. Jedną z prezentacji przedstawiał zwycięzca tegorocznej edycji konkursu EAAP – Bartosz Czech! ———————————————————————————————————————————- (2018-07-01) Nasz artykuł w PLoS ONE 🙂 Identification and annotation of breed-specific single nucleotide polymorphisms in Bos taurus genomes !!! ———————————————————————————————————————————- (2018-05-17) Drugie miejsce na sejmiku 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-05-12) W czwartek (17.05.2018) pojawimy się na sejmiku UP 🙂 Zaprezentujemy projekt “Bos taurus breed specific reference genomes” —-> agenda  ———————————————————————————————————————————- (2018-04-17) Kolejne postanowienie noworoczne zostało zrealizowane! Bartosz Czech dostał nagrodę za artykuł naukowy dotyczący rasowo specyficznych polimorfizmów u bydła domowego. Wjazd na konferencję, który umożliwi mu prezentację badań jest finansowany przez organizatorów EAAP. ———————————————————————————————————————————- (2018-04-11) Postanowienie noworoczne “Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq” zostało zrealizowane 🙂 Na samym początku zostało przedstawione wprowadzenie do wysoko-przepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptów – zapoznanie z głównymi ideami oraz celami tego rodzaju sekwencjonowania. Zapoznano nas z bazami danych, zawierającymi sekwencje nukleotydowe oraz przedstawiono metody pobierania takich sekwencji.  Kolejna część dotyczyła już samej obróbki danych sekwencyjnych. Począwszy od kontroli jakości, mapowania odczytów, przez analizę poziomu ekspresji genów i transkyptomów, kończąc na samej adnotacji danych oraz ich wizualizacji. Ponieważ kurs był bardzo obszerny, a przekazana wiedza była na wysokim poziomie możemy ją teraz wykorzystać do realizacji projektów naukowych związanych z analizą ekspresji genów u zwierząt hodowlanych ———————————————————————————————————————————- (2018-04-04) 07-08.04.2018 będziemy uczestniczyć  w kursie “Wprowadzenie do analizy danych RNA-seq” 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-03-07) Streszczenie oraz wniosek o stypendium EAAP  (69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science) zostały wysłane! ———————————————————————————————————————————- (2018-02-22) Streszczenie na sejmik gotowe 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-02-18) Artykuł nauowy “Identification and annotation of breed-specific SNPs in Bos taurus genomes’  został wysłany do publikacji. 🐄 🐄 🐄 ———————————————————————————————————————————- (2018-01-09) Plan pracy na 2018 rok:

  1. Wystąpienie na sejmiku UP WROC. Prezentowanie badania: „Construction of Bos taurus breed specific reference genomes”. Badania stanowią rozszerzenie projektu realizowanego w roku 2017. Poprzednio, wstępne badania opierały się na analizie jednego chromosomu (BTA1) u 38 osobników rasy Brown Swiss. W tym roku badania zostały rozszerzone o pełne genomy 900 osobników należących do 7 ras bydła (Fleckvieh, Simmental, Limousine, Angus, Hereford, Jersey, Brown Swiss).
  2. Publikacja artykułu naukowego „Breed specific reference genomes for Bos taurus”.
  3. Aplikowanie o stypendium EAAP oraz udział w konferencji naukowej 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science.
  4. Współpraca z CKU UPWr. Współpraca pomiędzy SKN a Centrum Kształcenia Ustawicznego UPWr w zakresie  popularyzacji wiedzy przyrodniczej w ramach oferty edukacyjnej „Młody Przyrodnik”. Prowadzenie warsztatów dotyczących konstrukcji drzew filogenetycznych.
  5. Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq.
  6. Projekt dotyczący wpływu sekwencji niekodujących na poziom ekspresji genów.

———————————————————————————————————————————- (2017-12-27) Update –> nowy, oficjalny adres e-mail: skn.bioinf@upwr.edu.pl ———————————————————————————————————————————- (2017-12-15) Mamy nowe logo 🙂 www.upwr.edu.pl/studenci/15126/skn_bioinformatykow.html ———————————————————————————————————————————- (2017-12-01) Artykuł naukowy pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes” w przygotowaniu! ———————————————————————————————————————————- (2017-11-22) A gdyby tak zająć się analizą danych RNA?  💻                                    –> www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=RNA-seq ———————————————————————————————————————————- (2017-10-23) Nowy zarząd wybrany! ———————————————————————————————————————————- (2017-09-20) Bartosz Czech wygłosił prezentację pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes for Fleckvieh, Simmental, Guernsey and Brown Swiss” na konferencji międzynarodowej “Vortragstagung der DGfZ und GfT”. Konferencja odbyła się w dniach 20-21.09.2017 na Uniwersytecie  Hohenheim w Niemczech. Link do konferencji:  http://www.dgfz-bonn.de/jahrestagung/jahrestagung-2017.html#regform bc ———————————————————————————————————————————- (2017-05-27) XXII Międzynarodowa konferencja SKN – prezentacja wyników wstępnych badań nad genomem referencyjnym specyficznym dla rasy Brown Swiss. Program konferencji: programme SKN_sejmik_foto ———————————————————————————————————————————- (2017-04-20) Streszczenie na sejmik gotowe –> abstract