SKN Bioinformatyków

• Artykuły naukowe studentów z SKN
• Konferencje SKN
• Nagrody

Działalność SKN Bioinformatyków opiera się głównie na analizie danych pochodzących z sekwencjonowania następnej generacji (ang. Next Generation Sequencing; NGS), nie boimy się jednak tez innych rodzajów danych :). Do pracy wykorzystujemy zarówno gotowe narzędzia bioinformatyczne jak i tworzymy własne skypty (Python, R, Bash) umożliwiające przetwarzanie i analizę danych biologicznych. Chętnie publikujemy nasze badania w czasopismach naukowych oraz prezentujemy wyniki projektów na konferencjach krajowych i zagranicznych.

Skład Zarządu:

• Przewodniczący: Karolina Sikorska
• Sekretarz: Magdalena Mikołajek
• Skarbnik: Klaudiusz Tomczyk

Kontakt:✉:skn.bioinf@upwr.edu.pl / facebook / instagram

Opiekun SKN – dr Magdalena Frąszczak;
✉:magdalena.fraszczak@upwr.edu.pl Katedra Genetyki, Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław.

Opiekun pomocniczny SKN – mgr inż Michalina Jakimowicz;
✉:michalina.jakimowicz@upwr.edu.pl Katedra Genetyki, Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław.

AKTUALNOŚCI:

——————————————————————————————————————————- (14-09-2024) Konferencja PTBI
Czterech studentów reprezentujących SKN Bioinformatyków wzięło udział w trzydniowej międzynarodowej konferencji naukowej poświęconej bioinformatyce, podczas której mieli okazję zaprezentować wyniki swoich badań oraz nawiązać wartościowe kontakty z innymi uczestnikami. Wydarzenie to stanowiło dla nich cenne doświadczenie, umożliwiając wymianę wiedzy z naukowcami z różnych krajów oraz branż.
Jednym z głównych punktów konferencji była prezentacja Jakuba Liu, który przedstawił wyniki swoich badań w formie 15-minutowego wystąpienia ustnego w języku angielskim, zatytułowanego „A three-level modeling for identifying important predictor variables in genome-wide association studies suffering from p >> n”. Jego wystąpienie wzbudziło duże zainteresowanie, zwłaszcza wśród osób zajmujących się analizą dużych zbiorów danych genetycznych.
Pozostali studenci: Klaudiusz Tomczyk, Patryk Mierzejewski oraz Marek Sztuka, zaprezentowali swoje badania w formie posterów naukowych, które również zostały omówione podczas sesji posterowej w języku angielskim. Ich prace obejmowały następujące tematy:

• Klaudiusz Tomczyk: „Analysis of linkage disequilibrium for next generation sequencing data”.
• Patryk Mierzejewski: „Investigation of the temporal changes in brain activity based on functional Magnetic Resonance Imaging data”.
• Marek Sztuka: „Application of Neural Network for Common Carp microbiome classification”.

——————————————————————————————————————————- (Lipiec 2024) SUKCES!🎉🦠💸
Projekt BIOVERSE, prowadzony przez SKN BIOSUS we współpracy z SKN Bioinformatyków oraz KN BioAddMed z Politechniki Wrocławskiej, uzyskał dofinansowanie z Miasta Wrocław w ramach programu FAST. Celem projektu jest zaprojektowanie i zbudowanie od podstaw bioreaktora, który będzie tani, ale w pełni funkcjonalny, porównywalny z o wiele droższymi odpowiednikami.
Ale właściwie, co to jest bioreaktor?
Bioreaktor to urządzenie służące do prowadzenia hodowli mikrobiologicznych w kontrolowanych warunkach. Dzięki temu narzędziu można produkować wiele użytecznych substancji, takich jak leki czy enzymy, na dużą skalę. Bioreaktor umożliwia precyzyjne kontrolowanie kluczowych parametrów hodowli, takich jak pH, temperatura, napowietrzanie czy poziom mieszania, co jest niezbędne dla uzyskania optymalnych wyników produkcji.

——————————————————————————————————————————- (06-06-2024) Dzień Otwarty WBiHZ
Dni Otwarte na Wydziale Biologii i Hodowli Zwierząt, podczas których Marek Sztuka i Klaudiusz Tomczyk przygotowali prezentację dla przyszłych, mamy nadzieję, kandydatów na studentów Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu. Mamy ogromną nadzieję, że ich prezentacja zatytułowana „Bioinformatyka w Ekspresie. Jak przyspieszyć badania genetyczne bez kawy?” zachęci przyszłych studentów do wyboru właśnie bioinformatyki.
W ramach warsztatów zostały przedstawione podstawowe, lecz niezwykle użyteczne funkcje w Pythonie, które w połączeniu z bardziej konwencjonalnymi rozwiązaniami pokazują, jak ważny jest czas w pracy bioinformatyka. Uczestnicy mieli okazję zobaczyć, jak automatyzacja i optymalizacja kodu mogą znacząco przyspieszyć badania genetyczne, oszczędzając czas, a jednocześnie zwiększając efektywność pracy. Prezentacja miała na celu pokazanie praktycznych korzyści płynących z wykorzystania nowoczesnych narzędzi bioinformatycznych, co, mamy nadzieję, skłoni przyszłych studentów do zainteresowania się tym fascynującym kierunkiem.

——————————————————————————————————————————- (2024-04-27) XXVIII Sejmik SKN
Podczas tegorocznej XXVIII Międzynarodowej Konferencji Studenckich Kół Naukowych, która odbyła się w dniach 25–26 kwietnia 2024, członkowie naszego SKN-u zaprezentowali wyniki trzech projektów:

• Marek Sztuka zdobył 1. miejsce za prezentację pt. „Aplikacje sieci neuronowych w analizie mikrobiomu karpia”.
• Jakub Liu wygłosił prezentację pt. „Zastosowanie metody ‘Supervised Rank Aggregation’ do identyfikacji istotnych zmiennych objaśniających w modelach, gdzie liczba parametrów jest znacznie większa od liczby obserwacji”.
• Filip Jerzykiewicz, Klaudiusz Tomczyk, Magda Mikołajek oraz Gabrysia Rybacka zaprezentowali wystąpienie pt. „Analiza współczynnika nierównowagi sprzężeń w oparciu o dane pochodzące z sekwencjonowania nowej generacji”.




——————————————————————————————————————————- (2024-04-11) Szalona Studencka Noc Naukowa 🥳
SSNN 2024! Dziękujemy wszystkim za uczestnictwo. Każdy z Nas będzie świetnie wspominać tamten wieczór! Dużo nauki i zabawy 🔬 Na naszym stoisku mogliście obejrzeć model wymierającej populacji, symulator ekosystemu, pograć w grę karcianą Blackjack, rzucić okiem na program napisany w Biopython’ie oraz przeprowadzić kilka angażujących rozmów z zakresu informatyki i genetyki 🧬🔬

Do zobaczenia na następnym wydarzeniu!




——————————————————————————————————————————- (2024-03-07) Dni Otwarte!
W dniu 07.03.2024r. SKN Bioinformatyków miał przyjemność wystąpić na Dniach Otwartych Uczelni! Serdecznie dziękujemy wszystkim zaangażowanym, jak i Wam za podchodzenie do Naszego stoiska, angażujące rozmowy i testowanie Naszego modelu wymierającej populacji.

Do zobaczenia za rok! 🔬



——————————————————————————————————————————- (2024-01-22) Noc Biologów
W dniu 12.01 na wydziale odbędzie się wydarzenie Noc Biologów, Nasz SKN przygotował warsztaty z wizualizacji danych biologicznych. Serdecznie zapraszamy do zapisu i uczestnictwa !


UPDATE:
Podczas Nocy Biologów Klaudiusz Tomczyk i Gabrysia Rybacka zorganizowali warsztat poświęcony wizualizacji danych, który spotkał się z dużym zainteresowaniem uczestników. Głównym celem warsztatu było wprowadzenie uczestników w zagadnienia bioinformatyki oraz pokazanie jej praktycznych zastosowań w analizie danych biologicznych.
W trakcie warsztatu uczestnicy mieli okazję zapoznać się z funkcjonowaniem symulatora przebiegu epidemii, który umożliwia modelowanie scenariuszy rozwoju epidemii. Symulator ten pozwalał na dostosowanie parametrów takich jak: prawdopodobieństwo zarażenia, wyzdrowienia, śmiertelność oraz początkowe liczebności grup chorych i zdrowych. Dodatkowo, uczestnicy mogli analizować przebieg epidemii w różnych przedziałach czasowych, co dało im możliwość zrozumienia, jak zmieniające się warunki wpływają na dynamikę rozprzestrzeniania się choroby.

——————————————————————————————————————————- (2023-08-29) Poster na konferencję “17th International Symposium on Integrative Bioinformatics” jest gotowy 🙂 –> The effect of transcriptomic annotations in breast cancer differential gene expression study

——————————————————————————————————————————- (2023-03-10) Wyniki nadchodzą!
Jednym z projektów, realizowanych w tym roku w ramach SKN jest projekt dotyczący detekcji wariantów polimorficznych z użyciem NextFlow. Są już pierwsze rezultaty, które wyglądają obiecująco 🙂



Z niecierpliwością czekamy na przedstawienie pełnych rezultatów na spotkaniu SNK-u!
——————————————————————————————————————————- (2023-03-09) Kolejne artykuły członka SKN-u



——————————————————————————————————————————- (2023-03-06) Dni Otwarte UPWR

Serdecznie zapraszamy na Dni Otwarte UPWR – 08.03.2023r., gdzie znajdzie się również stoisko naszego SKNu! 🙂 Zajrzyjcie do nas!

——————————————————————————————————————————— (2023-02-27) Pierwsze spotkanie w nowym roku!

Serdecznie zapraszamy na pierwsze spotkanie SKN Bioinformatyków, we współpracy z IKN Biomedyków oraz Kołem Genetyków i Hodowców Roślin, w semestrze letnim roku akademickiego 2022/23. Odbędzie się ono we wtorek, 28.02.2023r. o godzinie 12:00 w Green Caffe Nero (Galeria Dominikańska). Do zobaczenia! 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-12-23) Publikujemy! Tym razem Jagoda i Bartek 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-11-14) Pierwsze spotkanie SKN w roku akademickim 2022/2023
Dzisiaj, 14.11 o 18:00, pierwsze spotkanie SKN Bioinformatyków 2022/2023. Do zobaczenia na Discord!


——————————————————————————————————————————— (2022-07-31) Nowy artykuł, członek SKN pierwszym autorem! 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-05-16)  Prezentacja ze spotkania z MNM Diagnostics 🙂



 

——————————————————————————————————————————— (2022-05-25) Radość! 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-05-20) Na sejmiku SKN UPWR reprezentowały nas 3 osoby 🙂

• Krzysztof Kotlarz – “Klasyfikacja krów na podatne i odporne na zapalenie wymienia przy użyciu modeli głębokiego uczenia z regularyzacją.”
• Bartłomiej Hofman – “Identyfikacja i charakterystyka lncRNA u knurów rasy polskiej zwisłouchej.”
• Bartosz Luboń – “Beagle i GATK jako dwa narzędzia do wyznaczania haplotypów dla danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji.”

——————————————————————————————————————————— (2022-05-13) Rafał Stępień otrzymał stypendium i jedzie na staż do USA! Wywiad z Rafałem można znaleźć tutaj! 😎 Szczegóły programu dostępne na stronie internetowej bioLAB.

——————————————————————————————————————————— (2022-05-07) Artykuł Mateusza Kołomańskiego pt.: “DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human” został przyjęty do publikacji w czasopiśmie Journal of Applied Genetics. IF(2020)=3.240.

——————————————————————————————————————————— (2022-04-21) Jesteśmy po kolejnym spotkaniu SKN Bioinformatyków, na którym Bartłomiej Hofman zaprezentował swoje najnowsze badania! Zapraszamy do zapoznania się z prezentacją (Click)!.



——————————————————————————————————————————— (2022-02-28) Pierwsze spotkanie SKN Bioinformatyków w semestrze letnim. Zapraszamy na nasz kanał Discord.



——————————————————————————————————————————— (2022-02-25) Zapraszamy do przeczytania wywiadu z naszym przewodniczącym 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-02-18) Na stronie uczelni ukazał się przewodnik po kołach naukowych (my też tam jesteśmy) 🙂 –> click.

——————————————————————————————————————————— (2022-02-16) Artykuł o wpływie CNV na ekspresję genów został wysłany do recenzji. Jagoda Pierścińska i Bartek Hofman są współautorami. 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-02-15) Krzysztof Kotlarz dostał stypendium finansujące jego wystąpienie na prestiżowym kongresie światowym “World Congress on Genetics Applied to Livestock Production”! Kongres odbędzie się w lipcu, w Holandii. Gratulacje!



——————————————————————————————————————————— (2022-02-09) Dane DNA-seq i RNA-seq zostały już oficjalnie wysłane do bazy danych NCBI. Będę publicznie dostępne po ukazaniu się naszych artykułów naukowych 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-02-03) Chwilka przerwy… na sesję 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-01-20) ROZWIĄZANIE KONKURSÓW DAS!

Bardzo serdecznie dziękujemy za każdy oddany głos! Gratulujemy wszystkim sukcesów i cieszymy się, że braliśmy udział w zabawie 🤩!

Pełna lista zwycięzców –> click!

i my też tu jesteśmy… 🙂

——————————————————————————————————————————— (2022-01-18) My również zaprezentowaliśmy się na DAS 🙂



——————————————————————————————————————————— (2022-01-14) Bierzemy udział w DAS, zapraszamy do głosowania na najlepszą grafikę SKN. Wszystkie grafiki są w komentarzu pod postem –> click!  🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-12-03) Podsumowanie naszych wystąpień na konferencjach w 2021 roku można zobaczyć tutaj –> click!

Na zdjęciu powyżej Krzysztof Kotlarz prezentuje swoje badania na międzynarodowej konferencji EAAP w Szwajcarii. Poniżej jedna z sal konferencyjnych, przydrożna krówka oraz plakietki uczestników (kliknij je aby powiększyć) 🙂 .

——————————————————————————————————————————— (2021-11-19) Spotkanie poprowadziła dotychczasowy Sekretarz SKN Wiktoria Wilman, która omówiła osiągnięcia SKN Bioinformatyków z ubiegłego roku akademickiego (2020/2021). Wymienione zostały zwłaszcza publikacje w wysoko punktowanych czasopismach naukowych oraz projekty prezentowane na zagranicznych konferencjach międzynarodowych. Wyłoniono również nowy zarząd w składzie:
Krzysztof Kotlarz – przewodniczący
Bartłomiej Hofman – sekretarz
Oliwia Kozakiewicz – skarbnik

——————————————————————————————————————————— (2021-11-10) Serdecznie zapraszamy na spotkanie SKN! Będziemy wybierać nowy zarząd!



——————————————————————————————————————————— (2021-09-27) Wystąpienia członków SKN na międzynarodowej konferencji PTBI 🙂

1. Jakub Liu, Tomasz Suchocki, Joanna Szyda. Bioinformatic modelling of SARS-CoV-2 pandemic with a focus on country-specific dynamics.
2. Krzysztof Kotlarz, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, J. Dou, Y. Wang Y, J. Szyda. Identification of heat stress responsive transcripts in Sprague-Dawley rats using mixed linear models.
3. Bartłomiej Hofman, Joanna Szyda. Magda Mielczarek. Identification and characteristics of lncRNAs in Polish Landrace boars.
4. Magda Mielczarek, Magdalena Frąszczak, Anna Zielak-Steciwko, Błażej Nowak, Bartłomiej Hofman, Jagoda Pierścińska, Joanna Szyda. Impact of Copy Number Variation on gene expression.



Konferencja odbyła się online. Powyżej zdjęcie prezentacji Pana Bartłomieja Hofmana, który opowiadał o swoich badaniach. Opiekun SKN czuwał nad powodzeniem akcji :).

——————————————————————————————————————————— (2021-09-12) Szwajcaria przywitała nas ciepło!

Wystąpienia członków SKN na międzynarodowej konferencji EAAP 2021 🙂

1. Krzysztof Kotlarz, Joanna Szyda, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, J. Dou, Y. Wang. Identification of heat stress responsive transcripts in Sprague-Dawley rats using mixed linear models.
2. Mateusz Kołomański, Magdalena Frąszczak, Magda Mielczarek. Impact of NGS data trimming on differential gene expression analysis in two groups of bees.
3. Magda Mielczarek, Magdalena Frąszczak, Anna Zielak-Steciwko, Błażej Nowak, Bartłomiej Hofman, Jagoda Pierścińska, Joanna Szyda. Impact of Copy Number Variation on gene expression.

——————————————————————————————————————————— (2021-08-01) 🌞🌞🌞

Wakacje trwają w najlepsze, ale nie zawieszamy prac nad projektami! Przygotowujemy się na dwie konferencje międzynarodowe we wrześniu! Więcej informacji wkrótce 🙂

——————————————————————————————————————————— (2021-06-30) K O N F E R E N C J A !

Z przyjemnością informujemy, że Pani Magdalena Jarosz wystąpiła na międzynarodowej konferencji ICAR 2021 (The 31st International Conference On Arabidopsis Research ICAR 2021) z tematem: “PLANT ELONGATOR – protein complex epigenetically regulating photomorphogenesis.”



——————————————————————————————————————————— (2021-06-10) Serdecznie zapraszamy na wykład Pani dr Magdy Mielczarek, która jest opiekunem naszego SKN. Pani doktor specjalizuje się w detekcji polimorfizmów liczby kopii (ang. Copy Number Variation) w całych genomach zwierząt i opowie o wszystkich znanych jej problemach technicznych z tym związanych.



——————————————————————————————————————————— (2021-06-01) Pan Jarosław Wełeszczuk opowie o współpracy z Uniwersytetem Aarhus 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-05-19) Zajęliśmy podium 🙂 🏆



——————————————————————————————————————————— (2021-05-04) Kolejne spotkanie o ML 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-04-15) Kliknij grafikę, by dotrzeć do szczegółów 😉



——————————————————————————————————————————— (2021-04-07) Poznaj węża w “stringach”! Członkowie SKN dzielą się wiedzą 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-03-23) Serdecznie zapraszamy na kolejne spotkanie SKN. Tym razem będziemy mieć gości z zewnątrz. 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-03-05) Serdecznie zapraszamy na warsztaty 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-02-01) Zapraszamy!!! 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-01-18) HUUURA! 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-01-14) Cudze chwalicie, swego nie znacie! O projektach, które rozgrywają się w naszej Katedrze, opowie szefowa grupy Theta, profesor Joanna Szyda. Zapraszamy! Wykład w języku angielskim.



——————————————————————————————————————————— (2021-01-11)  A tymczasem już jutro kolejne spotkanie SKN! O badaniu CNV, czyli polimorfizmów liczby kopii, w genomie człowieka opowie nasz niedawny absolwent, mgr Mateusz Kołomański! Zapraszamy na nasz kanał Discord  



——————————————————————————————————————————— (2021-01-11)  My też byliśmy na DAS 🙂



——————————————————————————————————————————— (2021-01-04)  Wracamy do pracy! W tym roku, między innymi, poświęcamy się analizie różnicowej ekspresji genów u A.thaliana. 🙂



——————————————————————————————————————————— (2020-12-22)  🙂



——————————————————————————————————————————— (2020-12-11) Organizujemy kolejny wykład 🙂



——————————————————————————————————————————— (2020-12-10) Częściowe wyniki projektu “DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human” są umieszczone tutaj 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-11-30)

Serdecznie zapraszamy na wykład Pana dr Marcina Tabaki na temat “Challenges and opportunities in single cell transcriptomics“.  Wykład odbędzie się w dniu 01.12.2020 o godzinie 19:30.

——————————————————————————————————————————— (2020-11-19)

MAMY WYNIKI PO SEJMIKU UP! 🙂

Zwycięzcy w sekcji Biologii:

• I MIEJSCE – Rafał Stępień (WGSqc – NARZĘDZIE DO INTERAKTYWNEJ KONTROLI JAKOŚCI DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA CAŁYCH GENOMÓW)
• II MIEJSCE – Magdalena Jarosz (ELONGATOR – BIAŁKOWY KOMPLEKS EPIGENETYCZNIE REGULUJĄCY FOTOMORFOGENEZĘ U ARABIDOPSIS THALIANA)
• III MIEJSCE – Krzysztof Kotlarz (SKUTECZNOŚĆ MODELI GŁĘBOKIEGO UCZENIA W KLASYFIKACJI POPRAWNIE I NIEPOPRAWNIE WYKRYTYCH SNP)

…w sekcji Hodowli Zwierząt:

• I MIEJSCE – Mateusz Kołomański (WPŁYW CZYSZCZENIA DANYCH NGS NA WYNIKI ANALIZY RÓŻNICOWEJ EKSPRESJI GENÓW U DWÓCH GRUP PSZCZÓŁ)

——————————————————————————————————————————— (2020-11-26)

Nasze prezentacje na PTBI 🙂

1. Mateusz Kołomański, Joanna Szyda, Magdalena Frąszczak, Magda Mielczarek. DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in humans. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Tworzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2020. Polska.
2. Krzysztof Kotlarz, Magda Mielczarek, Tomasz Suchocki, Bartosz Czech, Bernt Guldbrandtsen, Joanna Szyda. Deep learning algorithms for the imbalanced classification of correct and incorrect SNP genotypes from WGS pipelines. Międzynarodowa Konferencja Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego (PTBI) 2020. Polska.

——————————————————————————————————————————— (2020-11-18)

Zapowiedź najbliższych spotkań 🙂

• 01.12.2020 – Pan dr Marcin Tabaka, opowie o swojej pracy nad genomiką pojedynczej komórki. Wykład w języku angielskim
• 15.12.2020 – Pan dr Bartosz Kozak opowie o swoich projektach związanych z analizą transkryptomu roślin.

——————————————————————————————————————————— (2020-11-16) następne spotkanie już jutro – 17.11.2020 o 19:30 🙂



——————————————————————————————————————————— (2020-11-15) … 5 prezentacji na sejmiku!!! 😎🥒! 

• Magdalena Jarosz – Elongator: białkowy kompleks epigenetycznie regulujący fotomorfogenezę u Arabidopsis thaliana
• Bartłomiej Hofman – Charakterystyka polimorfizmów pojedynczego nukleotydu u Arabidopsis thaliana
• Mateusz Kołomański – Wpływ czyszczenia danych NGS na wyniki analizy różnicowej ekspresji genów u dwóch grup pszczół
• Krzysztof Kotlarz – Skuteczność modeli głębokiego uczenia w klasyfikacji poprawnie i niepoprawnie wykrytych SNP
• Rafał Stępień –  WGSqc: Narzędzie do interaktywnej kontroli jakości danych pochodzących z sekwencjonowania całych genomów

——————————————————————————————————————————— (2020-11-10) …i już po spotkaniu. Lista dostępnych projektów znajduje się poniżej 🙂



——————————————————————————————————————————— (2020-11-04) Zapraszamy na spotkanie SKN 🙂 –>  KLIKNIJ MNIE! 

——————————————————————————————————————————— (2020-10-14) Na pierwszym spotkaniu SKN w roku akademickim 2020/2021 został wybrany nowy Skarbnik, którym została Daria Plewa. Dodatkowo, Krzysztof Kotlarz opowiedział o swojej działalności, która zaowocowała 2 artykułami naukowymi! 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-10-05) Nadchodzi pierwsze spotkanie w roku akademickim 2020/2021 🙂 –> Kanał Discord.

——————————————————————————————————————————— (2020-09-18) To jest hit! Dwa manuskrypty Krzysztofa Kotlarza zostały przyjęte do publikacji:

• “The application of deep learning for the classification of correct and incorrect SNP genotypes from whole genome DNA sequencing pipelines” (czasopismo: Journal of Applied Genetics)
• “Analiza trendu genetycznego wybranych populacji bydła Holsztyńsko-Fryzyjskiego w latach 1995-2013” (czasopismo: Wiadomości Zootechniczne)

——————————————————————————————————————————— (2020-08-28) Jesteśmy coraz bliżej ukończenia publikacji naukowej pt.: “DNA sequence features underlying large-scale duplications and deletions in human” 🙂 

——————————————————————————————————————————— (2020-03-05) Zgłosiliśmy abstrakty na SEJMIK 😊

• Wpływ czyszczenia danych NGS na wyniki analizy różnicowej ekspresji genów u dwóch grup pszczół
• Analiza różnicowa ekspresji genów pomiędzy rekombinantami muszki owocowej (Drosophila melanogaster)
• Rozkład polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w intronach oraz eksonach bydła domowego (Bos taurus)
• Elongator – białkowy kompleks epigenetycznie regulujący fotomorfogenezę u Arabidopsis thaliana.

——————————————————————————————————————————— (2020-02-29) Dziś mieliśmy przyjemność uczestniczyć w warsztatach z programowania w Perlu. Poza tym jedliśmy pizzę 🍕 🙂

——————————————————————————————————————————— (2020-02-19) Organizujemy warsztaty! Szczegóły można znaleźć TUTAJ! 🙂 🐪 ——————————————————————————————————————————— (2020-02-07) Dziękujemy MNM Diagnostics za super wykład! ——————————————————————————————————————————— (2020-02-03) Uprzejmie przypominamy o spotkaniu 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-22) Opis sejmiku 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-17) Serdecznie zapraszamy na spotkanie z przedstawicielami firmy mnm.bio. Podczas spotkania będziemy mieli okazję porozmawiać o roli bioinformatyki w spersonalizowanej medycynie. Szczególnie zachęcamy do udziału studentów ostatniego roku studiów magisterskich z bioinformatyki. Spotkanie odbędzie się o godzinie 12:15, w dniu 05.02.2020 w sali AB na ul. Chełmińskiego 38C. “The future of personalized diagnostics is now” ——————————————————————————————————————————— (2020-01-16) Dziękujemy wszystkim za przybycie na film “Data Science Pioneers” 🙂 Do zobaczenia na kolejnym spotkaniu! 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2020-01-05) Zapraszamy na spotkanie organizowane przez nasze SKN – pokaz filmu “Data Science Pioneers” 🙂 Więcej informacji można znaleźć TUTAJ! “Data Science Pioneers – conquering the next frontier is a documentary investigating the future of data science with key data science leaders from Europe and North America.” ——————————————————————————————————————————— (2019-12-09) Więcej zdjęć z DAS na naszym facebook’u 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-12-03) Zapraszamy do naszego stoiska na DAS. Zachęcamy do wzięcia udziału w mini konkursie – za poprawną odpowiedz na pytanie nagrodą jest babeczka. 🙂 Author: Jagoda Pierścińska (przewodnicząca SKN Bioinformatyków) ——————————————————————————————————————————— (2019-11-29) Podsumowanie zebrania z dnia 28.11.2019:

• w tym roku dołączyła do nas rekordowa liczba członków –> 45 osób!
• wybraliśmy nowy zarząd
• przedstawiliśmy działalność z poprzednich lat
• wstępnie uzgodniliśmy terminy dwóch kolejnych spotkań
• ustaliliśmy plan działań na najbliższe miesiące
• okazało się, że lubimy krówki! 🐄 🍬

——————————————————————————————————————————— (2019-11-25) Zapraszamy na spotkanie naszego SKN w dniu 28.11.2019 (czwartek) o 17:45. Spotkanie odbędzie się w sali 7K w Katedrze Genetyki na Kożuchowskiej 7 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-11-25 ) Piszą o nas 🙂

• m.niezalezna.pl
• naukawpolsce.pap.pl
• wroclaw.wyborcza.pl

——————————————————————————————————————————— (2019-11-24) 30.11.2019 odbędzie się Ogólnopolska Konferencja Biotechnologiczna “Krok w przyszlość“. Opiekun SKN – dr Magda Mielczarek wygłosi wykład inauguracyjny poświęcony analizie danych pochodzących z sekwencjonowania następnej generacji. Ponadto, Jagoda Pierścińska przedstawi plakat prezentujący znaczenie procesu “pseudoprzyrówania” w analizie ekspresji genów. ——————————————————————————————————————————— (2019-11-05) BRĄZOWY MEDAL ZDOBYTY!  International Genetically Engineered Machine Competition (iGEM) !!! 🍾🍾 🍾 ——————————————————————————————————————————— (2019-10-24) Wizy do USA już są! Studenci z SKN Bioinformatyków i Biotechnologów jadą do Bostonu w celu zaprezentowania projektu realizowanego  w ramach iGEM! iGEM / collaboration / student association ——————————————————————————————————————————— (2019-10-16) SKN ma na swoim koncie kolejny opublikowany artykuł 🙂 Tytuł artykułu: “DNA sequence features underlying copy number variants.” Więcej artykułów SKN tutaj ——————————————————————————————————————————— (2019-10-01) Zapraszamy wszystkich zainteresowanych na wykłady z RNA-seq 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-09-17) Walka o medal trwa! iGEM / strona internetowa projektu  ——————————————————————————————————————————— (2019-08-06) ——————————————————————————————————————————— (2018-05-16) Pierwsze miejsce (Sekcja Biologii) na  XXIV Międzynarodowej Konferencji Studenckich Kół Naukowych 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2019-04-24) Studenci SKN Bioinformatyków wraz ze studentami Biotechologii biorą udział w tegorocznej edycji konkursu iGEM. Głównym założeniem projektu jest modyfikacja genomu drożdzy Yarrowia lipolytica w celu stworzenia biofiltra, który wyłapie metale ciężkie z powietrza wewnątrz domów. Więcej: Myairrowia_social_media  / iGEM ——————————————————————————————————————————— (2019-04-03) Abstrakt na Sejmik SKN 2019 gotowy 🙂 –> Zobacz!

Source: BioCote website

——————————————————————————————————————————— (2019-01-28) Testujemy Canu 🙂 –> https://genome.cshlp.org/content/27/5/722 ——————————————————————————————————————————— (2018-12-30) Demultipleksowanie próbek i analiza jakości już za nami –> Składanie genomów bakteryjnych w toku 🙂 ——————————————————————————————————————————— (2018-11-13) Ruszył projekt “Porównanie liczby SNP w regionach CNV oraz bez CNV”. Dane do analizy obejmują polimorfizmy genetyczne wykryte u kilkudziesięciu zwierząt. Pierwszym krokiem będzie adnotacja funkcjonalna w celu ustalenia, które egzony uległy duplikacji. ——————————————————————————————————————————— (2018-10-19) Zyskaliśmy dziś nowych członków i rozpoczynamy nowe projekty! Będziemy analizować duplikacje w całych genomach bydła domowego, szukać fałszywie pozytywnych delecji u człowieka, porównywać programy do detekcji SNP oraz zgłębimy zagadnienia związane z filogenetyką. ——————————————————————————————————————————— (2018-10-11) ➡ Spotkanie organizacyjne:  piątek (19.10.2018) / godzina: 14:30 / miejsce: Katedra Genetyki (Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław) ⬅ ——————————————————————————————————————————— (2018-09-08) Byliśmy tam 🙂 —–> XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego  ———————————————————————————————————————————- (2018-09-05) W związku z XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego stworzyliśmy książkę abstraktów 🙂 Book_of_abstracts ———————————————————————————————————————————- (2018-09-01) Projekt “Porównanie metod składania genomów bakteryjnych” rusza wraz z nowym rokiem akademickim i będzie realizowany we współpracy z Uniwersytetem Medycznym w Łodzi (pawel.sztromwasser@umed.lodz.pl) ———————————————————————————————————————————- (2018-08-25) Na konferencji EAAP grupa theta wystąpiła aż z 4⃣ prezentacjami i przedstawiła 2⃣ postery. Jedną z prezentacji przedstawiał zwycięzca tegorocznej edycji konkursu EAAP – Bartosz Czech! ———————————————————————————————————————————- (2018-07-01) Nasz artykuł w PLoS ONE 🙂 Identification and annotation of breed-specific single nucleotide polymorphisms in Bos taurus genomes !!! ———————————————————————————————————————————- (2018-05-17) Drugie miejsce na sejmiku 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-05-12) W czwartek (17.05.2018) pojawimy się na sejmiku UP 🙂 Zaprezentujemy projekt “Bos taurus breed specific reference genomes” —-> agenda  ———————————————————————————————————————————- (2018-04-17) Kolejne postanowienie noworoczne zostało zrealizowane! Bartosz Czech dostał nagrodę za artykuł naukowy dotyczący rasowo specyficznych polimorfizmów u bydła domowego. Wjazd na konferencję, który umożliwi mu prezentację badań jest finansowany przez organizatorów EAAP. ———————————————————————————————————————————- (2018-04-11) Postanowienie noworoczne “Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq” zostało zrealizowane 🙂 Na samym początku zostało przedstawione wprowadzenie do wysoko-przepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptów – zapoznanie z głównymi ideami oraz celami tego rodzaju sekwencjonowania. Zapoznano nas z bazami danych, zawierającymi sekwencje nukleotydowe oraz przedstawiono metody pobierania takich sekwencji.  Kolejna część dotyczyła już samej obróbki danych sekwencyjnych. Począwszy od kontroli jakości, mapowania odczytów, przez analizę poziomu ekspresji genów i transkyptomów, kończąc na samej adnotacji danych oraz ich wizualizacji. Ponieważ kurs był bardzo obszerny, a przekazana wiedza była na wysokim poziomie możemy ją teraz wykorzystać do realizacji projektów naukowych związanych z analizą ekspresji genów u zwierząt hodowlanych ———————————————————————————————————————————- (2018-04-04) 07-08.04.2018 będziemy uczestniczyć  w kursie “Wprowadzenie do analizy danych RNA-seq” 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-03-07) Streszczenie oraz wniosek o stypendium EAAP  (69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science) zostały wysłane! ———————————————————————————————————————————- (2018-02-22) Streszczenie na sejmik gotowe 🙂 ———————————————————————————————————————————- (2018-02-18) Artykuł nauowy “Identification and annotation of breed-specific SNPs in Bos taurus genomes’  został wysłany do publikacji. 🐄 🐄 🐄 ———————————————————————————————————————————- (2018-01-09) Plan pracy na 2018 rok:

1. Wystąpienie na sejmiku UP WROC. Prezentowanie badania: „Construction of Bos taurus breed specific reference genomes”. Badania stanowią rozszerzenie projektu realizowanego w roku 2017. Poprzednio, wstępne badania opierały się na analizie jednego chromosomu (BTA1) u 38 osobników rasy Brown Swiss. W tym roku badania zostały rozszerzone o pełne genomy 900 osobników należących do 7 ras bydła (Fleckvieh, Simmental, Limousine, Angus, Hereford, Jersey, Brown Swiss).
2. Publikacja artykułu naukowego „Breed specific reference genomes for Bos taurus”.
3. Aplikowanie o stypendium EAAP oraz udział w konferencji naukowej 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science.
4. Współpraca z CKU UPWr. Współpraca pomiędzy SKN a Centrum Kształcenia Ustawicznego UPWr w zakresie  popularyzacji wiedzy przyrodniczej w ramach oferty edukacyjnej „Młody Przyrodnik”. Prowadzenie warsztatów dotyczących konstrukcji drzew filogenetycznych.
5. Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq.
6. Projekt dotyczący wpływu sekwencji niekodujących na poziom ekspresji genów.

———————————————————————————————————————————- (2017-12-27) Update –> nowy, oficjalny adres e-mail: skn.bioinf@upwr.edu.pl ———————————————————————————————————————————- (2017-12-15) Mamy nowe logo 🙂 www.upwr.edu.pl/studenci/15126/skn_bioinformatykow.html ———————————————————————————————————————————- (2017-12-01) Artykuł naukowy pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes” w przygotowaniu! ———————————————————————————————————————————- (2017-11-22) A gdyby tak zająć się analizą danych RNA?  💻                                    –> www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=RNA-seq ———————————————————————————————————————————- (2017-10-23) Nowy zarząd wybrany! ———————————————————————————————————————————- (2017-09-20) Bartosz Czech wygłosił prezentację pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes for Fleckvieh, Simmental, Guernsey and Brown Swiss” na konferencji międzynarodowej “Vortragstagung der DGfZ und GfT”. Konferencja odbyła się w dniach 20-21.09.2017 na Uniwersytecie  Hohenheim w Niemczech. Link do konferencji:  http://www.dgfz-bonn.de/jahrestagung/jahrestagung-2017.html#regform ———————————————————————————————————————————- (2017-05-27) XXII Międzynarodowa konferencja SKN – prezentacja wyników wstępnych badań nad genomem referencyjnym specyficznym dla rasy Brown Swiss. Program konferencji: programme ———————————————————————————————————————————- (2017-04-20) Streszczenie na sejmik gotowe –> abstract