SKN Bioinformatyków

logo SKN

Działalność SKN Bioinformatyków skupia się wokół analizy danych pochodzących z mikromacierzy oraz z sekwencjonowania następnej generacji (ang. Next Generation Sequencing; NGS). Głównym obiektem badań są polimorfizmy genetyczne różnego typu (np. SNP – polimorfizmy pojedynczego nukleotydu, InDel – insercje/delecje czy CNV- polimorfizmy liczby kopii) w całych genomach zwierząt. Studenci wykorzystują narzędzia bioinformatyczne umożliwiające przetwarzanie danych biologicznych jak i ich analizę. Dotychczasowe projekty dotyczyły:

  • identyfikacji genów kandydujących oraz mutacji mających wpływ na odpowiedź immunologiczną u Gallus gallus

  • złożoności sekwencji nukleotydowej w miejscu powstawania polimorfizmów zmienności liczby kopii

  • konstrukcji genomów referencyjnych charakterystycznych dla konkretnych ras Bos taurus.

SKN Bioinformatyków nastawione jest głównie na publikowanie badań w czasopismach naukowych z Impact Factor (IF) oraz na propagowanie wyników projektów na konferencjach międzynarodowych krajowych i zagranicznych.

Skład Zarządu:

  • Przewodniczący – Bartosz Czech (: bwczech@wp.pl)

  • Skarbnik – Anna Mucha

  • Sekretarz – Patrycja Rajewska

Kontakt ✉:skn.bioinf@upwr.edu.pl

Opiekun SKN – dr Magda Mielczarek; ✉:magda.mielczarek@upwr.edu.pl

Katedra Genetyki, Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław.

 

AKTUALNOŚCI:

———————————————————————————————————————————

2018-11-13

Ruszył projekt “Porównanie liczby SNP w regionach CNV oraz bez CNV”. Dane do analizy obejmują polimorfizmy genetyczne wykryte u kilkudziesięciu zwierząt. Pierwszym krokiem będzie adnotacja funkcjonalna w celu ustalenia, które egzony uległy duplikacji.

———————————————————————————————————————————

2018-10-19

Zyskaliśmy dziś nowych członków i rozpoczynamy nowe projekty! Będziemy analizować duplikacje w całych genomach bydła domowego, szukać fałszywie pozytywnych delecji u człowieka, porównywać programy do detekcji SNP oraz zgłębimy zagadnienia związane z filogenetyką.

———————————————————————————————————————————

2018-10-11

➡ Spotkanie organizacyjne:  piątek (19.10.2018) / godzina: 14:30 / miejsce: Katedra Genetyki (Kożuchowska 7, 51-631 Wrocław) ⬅

———————————————————————————————————————————

2018-09-08

Byliśmy tam 🙂 —–> XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego 

———————————————————————————————————————————-

2018-09-05

W związku z XI Sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego stworzyliśmy książkę abstraktów 🙂

Book_of_abstracts

———————————————————————————————————————————-

2018-09-01

Projekt “Porównanie metod składania genomów bakteryjnych” rusza wraz z nowym rokiem akademickim i będzie realizowany we współpracy z Uniwersytetem Medycznym w Łodzi (pawel.sztromwasser@umed.lodz.pl)

———————————————————————————————————————————-

2018-08-25

Na konferencji EAAP grupa theta wystąpiła aż z 4⃣ prezentacjami i przedstawiła 2⃣ postery. Jedną z prezentacji przedstawiał zwycięzca tegorocznej edycji konkursu EAAP – Bartosz Czech!

———————————————————————————————————————————-

2018-07-01

Nasz artykuł w PLoS ONE 🙂

Identification and annotation of breed-specific single nucleotide polymorphisms in Bos taurus genomes !!!

———————————————————————————————————————————-

2018-05-17

Drugie miejsce na sejmiku 🙂

———————————————————————————————————————————-

2018-05-12

W czwartek (17.05.2018) pojawimy się na sejmiku UP 🙂 Zaprezentujemy projekt “Bos taurus breed specific reference genomes” —-> agenda 

———————————————————————————————————————————-

2018-04-17

Kolejne postanowienie noworoczne zostało zrealizowane! Bartosz Czech dostał nagrodę za artykuł naukowy dotyczący rasowo specyficznych polimorfizmów u bydła domowego. Wjazd na konferencję, który umożliwi mu prezentację badań jest finansowany przez organizatorów EAAP.

———————————————————————————————————————————-

2018-04-11

Postanowienie noworoczne “Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq” zostało zrealizowane 🙂

Na samym początku zostało przedstawione wprowadzenie do wysoko-przepustowego sekwencjonowania genomów i transkryptów – zapoznanie z głównymi ideami oraz celami tego rodzaju sekwencjonowania. Zapoznano nas z bazami danych, zawierającymi sekwencje nukleotydowe oraz przedstawiono metody pobierania takich sekwencji.  Kolejna część dotyczyła już samej obróbki danych sekwencyjnych. Począwszy od kontroli jakości, mapowania odczytów, przez analizę poziomu ekspresji genów i transkyptomów, kończąc na samej adnotacji danych oraz ich wizualizacji. Ponieważ kurs był bardzo obszerny, a przekazana wiedza była na wysokim poziomie możemy ją teraz wykorzystać do realizacji projektów naukowych związanych z analizą ekspresji genów u zwierząt hodowlanych

———————————————————————————————————————————-

2018-04-04

07-08.04.2018 będziemy uczestniczyć  w kursie “Wprowadzenie do analizy danych RNA-seq” 🙂

———————————————————————————————————————————-

2018-03-07

Streszczenie oraz wniosek o stypendium EAAP  (69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science) zostały wysłane!

———————————————————————————————————————————-

2018-02-22

Streszczenie na sejmik gotowe 🙂

———————————————————————————————————————————-

2018-02-18

Artykuł nauowy “Identification and annotation of breed-specific SNPs in Bos taurus genomes’  został wysłany do publikacji. 🐄 🐄 🐄

———————————————————————————————————————————-

2018-01-09

Plan pracy na 2018 rok:

  1. Wystąpienie na sejmiku UP WROC. Prezentowanie badania: „Construction of Bos taurus breed specific reference genomes”. Badania stanowią rozszerzenie projektu realizowanego w roku 2017. Poprzednio, wstępne badania opierały się na analizie jednego chromosomu (BTA1) u 38 osobników rasy Brown Swiss. W tym roku badania zostały rozszerzone o pełne genomy 900 osobników należących do 7 ras bydła (Fleckvieh, Simmental, Limousine, Angus, Hereford, Jersey, Brown Swiss).
  2. Publikacja artykułu naukowego „Breed specific reference genomes for Bos taurus”.
  3. Aplikowanie o stypendium EAAP oraz udział w konferencji naukowej 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science.
  4. Współpraca z CKU UPWr. Współpraca pomiędzy SKN a Centrum Kształcenia Ustawicznego UPWr w zakresie  popularyzacji wiedzy przyrodniczej w ramach oferty edukacyjnej „Młody Przyrodnik”. Prowadzenie warsztatów dotyczących konstrukcji drzew filogenetycznych.
  5. Uczestnictwo w warsztatach dotyczących analizy RNA-seq.
  6. Projekt dotyczący wpływu sekwencji niekodujących na poziom ekspresji genów.

———————————————————————————————————————————-

2017-12-27

Update –> nowy, oficjalny adres e-mail: skn.bioinf@upwr.edu.pl

———————————————————————————————————————————-

2017-12-15

Mamy nowe logo 🙂

www.upwr.edu.pl/studenci/15126/skn_bioinformatykow.html

———————————————————————————————————————————-

2017-12-01

Artykuł naukowy pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes” w przygotowaniu!

———————————————————————————————————————————-

2017-11-22

A gdyby tak zająć się analizą danych RNA?  💻                                    –> www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=RNA-seq

———————————————————————————————————————————-

2017-10-23

Nowy zarząd wybrany!

———————————————————————————————————————————-

2017-09-20

Bartosz Czech wygłosił prezentację pt. “Construction of Bos taurus breed specific reference genomes for Fleckvieh, Simmental, Guernsey and Brown Swiss” na konferencji międzynarodowej “Vortragstagung der DGfZ und GfT”. Konferencja odbyła się w dniach 20-21.09.2017 na Uniwersytecie  Hohenheim w Niemczech. Link do konferencji:  http://www.dgfz-bonn.de/jahrestagung/jahrestagung-2017.html#regform

bc

———————————————————————————————————————————-

2017-05-27

XXII Międzynarodowa konferencja SKN – prezentacja wyników wstępnych badań nad genomem referencyjnym specyficznym dla rasy Brown Swiss. Program konferencji: programme

SKN_sejmik_foto

———————————————————————————————————————————-

2017-04-20

Streszczenie na sejmik gotowe –> abstract